Каталоги в репозитории github должны отражать каталоги в .vim. Другими словами, все, что находится в каталоге 'plugin' в репозитории github, нужно будет переместить в .vim / plugin. То же самое с 'doc', 'ftplugin' и т. Д.
Возможно, стоит проверить плагин Pathogen для vim. Это делает установку плагинов (особенно активно поддерживаемых и работающих на таких сайтах, как github) очень простой в управлении.