Под проблемами я предполагаю, что вы имеете в виду, что несколько приложений не создают свое рабочее пространство для ведения журналов и настроек. Это приведет к перезаписи одного экземпляра и получению доступа к данным, полученным другим, что приведет к нежелательным и непредсказуемым результатам.
Если у вас есть доступ к исходному коду приложения, я бы предложил расширить приложение, чтобы создать папку с именем, содержащим отметку времени плюс номер случайного числа для хранения данных сеанса - то есть журналов и предпочтений. Таким образом, несколько экземпляров могут работать, не мешая друг другу.
Однако имейте в виду, что некоторые предпочтения лучше всего сделать глобальными - чтобы вам не приходилось устанавливать предпочтения при каждой загрузке нового экземпляра. Это зависит от вашего приложения и от того, что он делает в отношении этих глобальных предпочтений.
Если у вас нет доступа к источнику, то другой вариант для нескольких экземпляров будет с помощью виртуализации, когда несколько ОС на одной машине будут работать с каждой ОС, на которой запущен один экземпляр приложения.