У нас возникла та же проблема с Дженкинсом (на сервере Linux).
Я не уверен, что вы можете достичь этого с помощью Powershell на сервере Windows (или использовать windows-порт bash и т. Д.), Но, например, мы запускаем и останавливаем наши сборки в Jenkins с помощью отдельных сценариев оболочки для запуска и остановки. Суть: стартовый скрипт сохраняет PID запускаемого Java-процесса в текстовый файл, а стоп-скрипт читает его и убивает через определенное время.