Далее будет показано, как показать различия (первая часть вашего вопроса), но на самом деле выходные данные не будут использоваться в качестве файлов исправлений.
Для сравнения двух таблиц:
mysql -u whatever -e "describe table" database1 > file1.txt
mysql -u whatever -e "describe table" database2 > file2.txt
diff file1.txt file2.txt
Для сравнения данных:
mysql -u whatever -e "select * from table" database1 > file1.txt
mysql -u whatever -e "select * from table" database2 > file2.txt
diff file1.txt file2.txt
Для сравнения баз данных:
mysqldump --extended-insert=FALSE -u whatever database1 > file1.txt
mysqldump --extended-insert=FALSE -u whatever database2 > file2.txt
diff file1.txt file2.txt