попробуйте это:
for($i=0;$i<$documentLinks->length;$i++)
{
$documentLink = $documentLinks->item($i);
if ($documentLink->hasAttribute('href'))
{
if (preg_match('!^https?://([^/]+\.)?domain\.com(/|#|$|\?)!i', trim($documentLink->getAttribute('href'))))
{
регулярное выражение является важной частью:
^https?://([^/]+\.)?domain\.com(/|#|$|\?)
начинаются с начала строки, соответствуют http или https, затем необязательный поддомен, который может не включать прямую косую черту (так что вы знаете, что вы все еще находитесь в доменной части), за которым следует домен, который вы хотите сопоставить, затем либо начало пути, начало фрагмента или конец URL