Я обнаружил, что установка valid_elements заставляет tinymce удалить u-теги. Никогда не было этой проблемы именно с этой настройкой в предыдущих версиях tinymce, но это выглядит несколько лучше и имеет смысл: я обновил настройку и добавил
-u,
Это решило проблему. Здесь полная настройка valid_elements
//The valid_elements option defines which elements will remain in the edited text when the editor saves.
valid_elements: "@[id|class|title|style]," +
"a[name|href|target|title]," +
"#p,-ol,-ul,-li,br,img[src],-sub,-sup,-b,-i,-u," +
"-span,hr",