Боюсь, что .htaccess в папке поддоменов не может переопределить .htaccess в корневой папке, и в настоящий момент .htaccess в вашей корневой папке в настоящее время влияет на поддомен, в котором он перенаправляет все посещения поддоменов накорень.Представьте, что .htaccess из вашей папки субдомена перенаправляет посещения самого каталога, а .htaccess из root также перенаправляет посещения субдомена обратно в сам корень, это будет беспорядок.
Ну, это то, что я думаю об этомпо-моему.Вы пытались связаться с тем, у кого есть корневая папка, чтобы подумать об этом?