Контроллер сборки можно использовать только для коллекции командных проектов. Его нельзя разделить между коллекциями.
Чтобы зарегистрировать контроллер сборки в коллекции, вам нужно будет войти в систему сборки, на которой установлен контроллер сборки, открыть консоль администрирования Team Foundation и перейти в раздел «Конфигурация сборки», выбрать «Отменить регистрацию хоста службы сборки, если он есть». в настоящее время зарегистрирован в другой коллекции командных проектов и зарегистрируйте ее в нужной коллекции командных проектов.
Эта ссылка содержит несколько разделов о настройке системы сборки, включая создание и регистрацию контроллеров сборки и агентов сборки:
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms181711.aspx
Невозможно выполнить настройку сборки через Visual Studio.
Надеюсь, это поможет.