Единственное отличие состоит в том, что когда вы выбираете эту опцию, файл jar не упаковывается внутри сгенерированного исполняемого файла, и ему нужен файл jar рядом с ним.
Так что вам не следует устанавливать флажок, еслиВы хотите скрыть JAR для своих пользователей и иметь один исполняемый файл, и вы должны проверить его, если вы хотите сохранить исполняемый файл и файл JAR отдельно (если вы хотите обновить файл JAR без повторной генерации исполняемого файла)например).