Это не указано в документации, но для очистки кэша кода операции необходимо сделать:
apc_clear_cache('opcode');
РЕДАКТИРОВАТЬ: Это относится только к некоторым старым версиям APC.
Независимо от того, какую версию вы используете, вы не можете очистить кэш mod_php или fastcgi APC из скрипта php cli, так как скрипт cli будет запускаться из другого процесса, такого как mod_php или fastcgi. Вы должны вызвать apc_clear_cache () внутри процесса (или дочернего процесса), для которого вы хотите очистить кеш. Использование curl для запуска простого php-скрипта - один из таких подходов.