Я думаю, вам нужно будет просмотреть каждый файл jar отдельно и позволить команде jar сообщить, когда архив поврежден.Вы можете использовать команду list для этого:
$ jar tf <jarfile>
В качестве альтернативы, я думаю, вы могли бы просто запустить java с вашим желаемым classpath и надеяться, что это объявляет, какие файлы jar являютсякоррумпированы.