В качестве альтернативы:
python -m cProfile -o profile.out `which nosetests` .
Вывод из можно просмотреть, например, с помощью runnakerun , что делает визуально очень очевидным, где ваши проблемы с производительностью. (например, это может быть обычный метод, который многие тесты косвенно вызывают)