Для этого вы можете использовать мой плагин Nose, который называется nose-gae-index .Он использует внутренний класс IndexYamlUpdater из SDK.
Нет необходимости постоянно включать его.Я использую его перед развертыванием и для проверки изменений в конфигурации индекса, вызванных новыми коммитами.
Не забудьте не использовать запросы, для которых требуются индексы, в самих тестах, иначе они также будут добавлены в файл конфигурации!