Не должно быть никаких проблем с кодом, который вы пишете, так как он написан на одном языке. Также не должно быть никаких проблем с переносом файла .xcodeproj из льва в снег или из снега в льва, он всегда должен открываться одинаково.
Кстати, вы хотите развиваться под снегом и львом для iOS? Потому что тогда не должно быть никаких проблем. Оба Xcode - версия 4, и все, что отличается, это то, что 4.1 / 4.1.1 оптимизирован для Lion, работает намного быстрее.