Интеграция Visual Studio в Dotfuscator в настоящее время не может различить сборки x86 и x64 одного и того же проекта. Это известная ошибка, над которой мы работаем. В то же время вы можете настроить конфигурационные файлы с помощью автономного пользовательского интерфейса, а затем запустить обфускацию в качестве шага после сборки, если вам нужно автоматически запутывать как двоичные файлы x86, так и x64.