Это как и ожидалось.Транзакция A en B происходит от Транзакции базового класса.В вашей модели сущности вы можете получить к ним доступ через коллекцию Транзакций , например:
Context context = new Context();
List<TransactionB> list = context.Transactions.OfType<TransactionB>().ToList();