Как уже указывалось в комментариях Abhijeet, вы можете просто добавить строку вроде:
/target/**
до исключить файл в папке \.git\info\
.
Затем, если вы хотите избавиться от этой папки target
в вашем удаленном репо, вам нужно будет сначала вручную удалить эту папку из локального репозитория, зафиксировать и затем нажать на нее. Это потому, что git покажет вам содержимое целевой папки как измененное вначале.