Оба могут быть использованы, и «стандарт» как таковой отсутствует, но у них есть несколько ключевых отличий:
Jetty традиционно имеет лучшую поддержку для встраивания в ваш собственный код (начиная с кода, например, теста), хотя я слышал, что это улучшилось в Tomcat 7. Jetty, вероятно, самый быстрый из двух, в то время как Tomcat имеет много соответствие более высоким стандартам. Если ваше приложение должно запускаться на другом сервере приложений в рабочей среде, Tomcat, вероятно, является лучшим выбором.