Похоже, что для последней версии 1.3 Neo4j поддерживается только интерфейс JRuby.Где находится интерфейс Java?
Документы по API Java http://api.neo4j.org/current/
Интерфейс Java REST, http://wiki.neo4j.org/content/Using_the_Neo4j_Server_with_Java
имеет оболочку JRuby http://neo4j.org/community/languages/