Я знаю, что уже немного поздно, но я решил похожую проблему, изменив файл csproj следующим образом.
<PropertyGroup Condition=" '$(Configuration)|$(Platform)' == 'Release|AnyCPU' ">
<ApplicationManifest>app.manifest</ApplicationManifest>
</PropertyGroup>
Это то, что я хотел только app.manifest для сборки выпуска, но не для сборки отладки. Если вам нужны разные файлы app.manifest для разных конфигураций, вы можете создать другой файл app.manifest в разных папках, а затем использовать условие, чтобы узнать, какой из них использовать следующим образом.
<PropertyGroup Condition=" '$(Configuration)|$(Platform)' == 'Release|AnyCPU' ">
<ApplicationManifest>Manifests\Release\App.manifest</ApplicationManifest>
</PropertyGroup>
<PropertyGroup Condition=" '$(Configuration)|$(Platform)' == 'Debug|AnyCPU' ">
<ApplicationManifest>Manifests\Debug\App.manifest</ApplicationManifest>
</PropertyGroup>
Вы оставляете ItemGroup, в которой есть элементы None, только для этих файлов:
<None Include="Manifests\Debug\App.manifest" />
<None Include="Manifests\Release\App.manifest" />