У вас есть два варианта: либо взломать класс RepoConf перед инициализацией yum, либо использовать прямой доступ к объекту RawConfigParser.Последнее довольно просто:
foo = repo.cfg.get(repo.id, 'foo')
Первый вариант более сложный, но более универсальный:
from yum import config, YumBase
config.RepoConf.foo = config.Option()
yum = YumBase()
for repo in yum.repos.listEnabled():
print repo.id, repo.foo