У меня были проблемы с копированием баз данных SQL CE на флэш-накопители только для того, чтобы обнаружить, что копия повреждена.Поврежденная база данных работает нормально после восстановления в Visual Studio, но до тех пор она не будет загружаться в мое приложение.Не уверен, что это та же проблема, с которой вы столкнулись.
В зависимости от того, как ваше приложение извлекает данные из базы данных, копирование строк из одной базы данных SQL CE в другую должно работать нормально.