Как упомянуто bkail, в Java EE 5.0 необязательно указывать несколько DD (так как он сильно зависит от аннотаций).
Если вы хотите явно создать application.xml и другие DD, вы можете сделать это.и инструмент предоставляет вам средства для их создания и обслуживания.