Вы можете использовать метод BitmapData.threshold .Этот код создает BitmapData с красным квадратом на синем фоне, а затем использует метод порога, чтобы сделать красные пиксели прозрачными.
var inputBitmapData:BitmapData = new BitmapData(200, 200, true, 0xFF0000FF);
inputBitmapData.fillRect(new Rectangle(10, 10, 180, 180), 0xFFFF0000);
var outputBitmapData:BitmapData = new BitmapData(200, 200, true);
var destPoint:Point = new Point(0, 0);
var sourceRect:Rectangle = new Rectangle(0, 0, outputBitmapData.width, outputBitmapData.height);
var threshold:uint = 0xFFFF0000;
var color:uint = 0x00000000;
outputBitmapData.threshold(inputBitmapData, sourceRect, destPoint, "==", threshold, color, 0xFFFFFFFF, true);
var input:Bitmap = new Bitmap(inputBitmapData);
addChild(input);
var output:Bitmap = new Bitmap(outputBitmapData);
output.x = input.x + input.width + 10;
addChild(output);