Рул,
Я знаю нескольких людей, борющихся с этой проблемой. На данный момент все это зависит от используемого инструмента. Я не знаю, как другие инструменты управляют фильтрацией результатов, но в Dymola вы управляете этим (как вы указали), присваивая сигналам специальные классификаторы (например, защищенные).
Одна вещь, которую я сделал в прошлом, это расширение модели, а затем добавление набора выходных сигналов для вещей, которые меня интересуют. Затем вы можете выбрать «Выходы» в Dymola, чтобы убедиться, что они попадают в файл результатов. Это далеко от совершенства, потому что а) перечисление всего, что вы хотите, может стать утомительным и б) ссылки на защищенные переменные строго запрещены (хотя Dymola позволяет вам сойти с рук, но выдает предупреждение).
В Dassault мы активно обсуждаем эту идею и надеемся предоставить некоторые более функциональные возможности в этом направлении. Не ясно, будет ли такая функциональность строго привязана к инструменту или будет каким-то образом задействовать язык. Но если это связано с языком, мы (конечно) будем работать с группой разработчиков, чтобы сформулировать спецификацию, которую могут поддерживать и другие поставщики инструментов.