Не уверен, почему scaleX не работает, но я нашел решение:
var flipVerticalMatrix:Matrix = new Matrix();
flipVerticalMatrix.scale(1, -1);
flipVerticalMatrix.translate(0, bm.height);
bitmap = new Bitmap(new BitmapData(bm.width, bm.height, false, 0x00AA00));
bitmap.bitmapData.draw(bm, flipVerticalMatrix);
По-прежнему будет интересна любая информация о том, почему scaleX не работает.