Вы не будете помогать себе с какими-либо определениями формата, поскольку файлы WMV обрабатываются корректно только через Windows Media Format SDK.
Вот немного (очень мало) информации о том, как вызвать COM из Java: http://www.eggheadcafe.com/software/aspnet/29766681/windows-media-encoder-sdk-java.aspx
Затем перейдите к http://sourceforge.net/projects/windowsmedianet/files/WindowsMediaNetSamples/Dec%202008/
и загрузите образцы, посмотрите в WMVSPLIT (я думаю, это название образца, который вы должны прочитать).
Кроме того, вы должны знать, что вы сможете разбивать файлы ТОЛЬКО в CLEAN_POINTs (это WMV-язык для KEYFRAME).
EDIT:
На самом деле, я бы выбрал для вас Windows-машину и простой .exe-файл или какую-нибудь другую утилиту для дополнительных процессов, которую вы будете запускать из Java. Я твердо убежден, что это будет проще.
И если у вас нет компьютера с Windows, вам придется пройти код VLC, чтобы найти анализатор формата ASF.