Просто установите Python через setup.exe
Cygwin, и он будет в /usr/bin
.
Или создайте символические ссылки в обеих системах, например в /usr/local/bin/python
, и используйте это в шебанге.
Или напишите сценарий установки, который корректирует строку #!
в ваших скриптах Python по мере их установки.
Обратите внимание, что если ваша /cygdrive/c/Python26/python
(C:\Python26\python
) является собственной установкой Windows Python, сценарии, использующие ее, не смогут использовать пути в стиле Cygwin.