Вы используете
C:\app\Python36\python.exe
, который является некоторым собственным Python для Windows, а не Python от Cygwin, скомпилированный для использования Cygwin.Поэтому, естественно, он не имеет ни малейшего представления о путях Cygwin.
Если вы хотите использовать Python от Cygwin, лучшим вариантом будет просто использовать Python, поставляемый с Cygwin.
Если вы абсолютно должен использовать собственный Python для Windows от Cygwin (вы можете сделать это, и у меня иногда была причина, например, для тестирования кода, предназначенного для запуска на Python для Windows, в котором, например, используется модуль msvcrt), вы можете это сделать,Но вам все равно нужно преобразовать любые пути файловой системы в собственный путь Windows.В Cygwin вы можете сделать это с помощью команды cygpath , например
$ cygpath -w -a /cygdrive/d/whatever
D:\whatever
Обернуть любые пути к файлам, передаваемые в Python, как
$ C:/Python36/python.exe "$(cygpath -w -a /cygdrive/d/whatever)"
Если вам нужно делать это частоВы можете сделать скрипт-обертку.