Я бы поместил ваши файлы данных в те же каталоги, что и ваши классы, и затем вы можете прочитать их, используя classpath (то есть Class.getResourceAsStream ()), таким образом вы можете упаковать свое приложение, включая все данные, в один файл Jar.
Если вы используете Maven, вы должны поместить его в раздел resources
.
Если вы хотите распространять их отдельно, тогда вы можете делать по сути то же самое, просто распространять свое приложение в двух файлах Jar, один для кода и один для данных. Поместите их обоих в путь к классам, и вы сможете получить доступ к своим данным с помощью только что описанных мной средств. Затем вы можете освободить и построить часть данных вашего приложения отдельно.