Теоретически да. Windows не является самой стабильной ОС, и программы иногда «замораживают» ее даже без вреда для драйверов и кода режима ядра. Программы Python ничем не отличаются в этом отношении, упакованы ли они py2exe
или нет, поскольку программы Python в Windows легко имеют доступ к тем же API-интерфейсам Windows, к которым может получить доступ любая другая программа.
Однако у меня такое ощущение, что вы «не просто спрашиваете», есть ли у вас какое-то конкретное приложение, замораживающее систему, это то, что следует рассмотреть для конкретного конкретного случая. Если приложение не делает что-то действительно сумасшедшее, это, вероятно, ошибка в нем, которую можно решить.