Ошибка IllegalOverride возникает, когда класс неправильно переопределяет функцию из своего родителя. Примером этого может быть расширение класса Sprite и создание этой функции:
override public function addChild(value:Number):DisplayObject
{
....
}
Это недопустимое переопределение, так как подпись метода не совпадает (для нее необходимо принять DisplayObject, а не Number).
Наиболее вероятно, что FlexModuleFactory изменился между 3.2 и 4.5. Если FlexModuleFactory используется в вашем родительском SWF, то его определение существует в ApplicationDomain. Если вы загрузите свой дочерний SWF-файл в тот же ApplicationDomain, и этот дочерний SWF-файл содержит класс, расширяющий FlexModuleFactory, он будет использовать версию 4.5, которая уже существует в ApplicationDomain, а не версию 3.2, с которой был скомпилирован дочерний объект.
Возможно, вам удастся обойти эту проблему, загрузив свой дочерний SWF-файл в новый домен ApplicationDomain, то есть он не будет использовать ни одно из определений Class из родительского SWF-файла.