Несколько возможных причин. Прежде всего, это свойство формы AutoScaleMode. Значение по умолчанию, Font, обеспечивает изменение размера шрифта и элементов управления, чтобы оставалось достаточно места для любого отображаемого текста. Размер текста измеряется в точках, 1/72 дюйма. Если вы запускаете свою программу на компьютере с большей настройкой числа точек на дюйм для видеоадаптера, шрифты растут соответственно и требуют больше пикселей. Для этого необходимо, чтобы элементы управления были больше, чтобы не допустить обрезки текста.
Другая причина - пользовательские настройки ширины рамки (Aero) и высоты заголовка. Размер формы определяется на основе ее заданного размера ClientSize, фактический размер во время выполнения будет определяться путем добавления этих предпочтений к размеру проекта. Это очень редко проблема.