Вы должны включить больше подробностей относительно вашей локали, и вам нужно поместить образец в место, где люди могут его получить. В данный момент мой Mac, кажется, правильно читает символы (и я не в той стране, где это даже нужно):
> read.table(text='"å", "æ", "ø", "ä"', sep=",")
V1 V2 V3 V4
1 å æ ø ä
> Sys.getlocale()
[1] "en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8"
(Я также создал файл с TextEdit.app, и он также правильно читает. И они отображаются правильно при построении.) Вы можете попробовать указать входную кодировку с параметром fileEncoding:
> read.table(text='"å", "æ", "ø", "ä"', sep=",", fileEncoding="UTF-8")
V1 V2 V3 V4
1 å æ ø ä
... который ничего не делает для меня, но который мог бы, если бы ваша локаль была установлена как "C", что, кажется, происходит без уважительной причины для некоторых людей с Mac. Если вы используете только параметр 'encoding' для read.table, он ничего не делает на этапе ввода, а только назначает атрибут результату операции чтения.