Я - создатель Redland , который включает в себя нативные тройные хранилища в C, плюс я использовал некоторые системы Java, такие как Jena и Sesame.
Трудно сказать больше, не зная, в чем заключается ваша проблема, но в целом нативные тройные хранилища работают лучше, если ваша область проблем / шаблон запросов скорее "графическая", чем "объектная". Objecty означает, что вы склонны всегда манипулировать - каждый раз устанавливать / получать один и тот же шаблон данных - в этом случае вы также можете использовать ORM или другое объектно-реляционное сопоставление и фиксированную схему. Если ваша проблема и схема более динамичны - «Графика» - вы можете извлечь выгоду из подхода с тройным хранилищем, когда проще перемещаться по данным, чем обычно в мире СУБД (он же присоединяется).
Конечно, есть и документный подход, такой как CouchDB, но об этом трудно узнать из предоставленной вами информации.