Если у вас есть ссылка на ваш документ (типа Window), и у вас есть ссылка на объект _DTE, вы можете назвать его так:
myDocument.Activate();
myDTE.ExecuteCommand("Edit.FormatDocument", string.Empty);
В большинстве случаев вы можете получить ссылку на объект _DTE из параметров, переданных в вашу надстройку.