Flash Builder 4.6 поддерживает Captive Runtime и должен выйти 29 ноября.
Я не верю, что Flash Pro будет поддерживать его до следующей версии, предположительно CS6. Я предполагаю, что это произойдет в первой половине 2012 года.
Если вы не можете ждать, вам придется использовать компиляторы командной строки.