Что обычно делается в fo:page-sequence в отношении нумерации страниц, это просто установка начального номера страницы или принудительное подсчет страниц.
Если вы хотите удалить нумерацию страниц из нижнего колонтитула, вам нужно посмотреть, где генерируется нижний колонтитул, и удалить фрагмент, который выводит нумерацию страниц.
Это обычно с <fo:page-number> или <fo:retrieve-marker> в <fo:static-content> для <fo:region-after> (в <fo:simple-page-master>).