Если вы собираетесь использовать другие библиотеки Boost, тогда использование bjam может иметь смысл, но, с простой точки зрения, с make очень сложно работать для сложного проекта, именно поэтому, например, был разработан ant .
Bjam расширяет другие проекты, которые начались с попытки заменить make.
Но, с другой стороны, make есть в каждой операционной системе Unix, bjam - нет, но, если вам нужно использовать библиотеки Boost для вашего проекта, вы можете убедиться, что он включен.
Для вашего проекта я думаю, что bjam может быть лучшим вариантом, но если бы вы писали переносимый проект, который другие должны были бы скомпилировать, используя ANSI C ++, я бы предложил также поддержку GNU Make.