Я не уверен насчет отслеживания изменений файловой системы, но вы можете экспортировать реестр Windows в виде текста до и после установки, а затем использовать инструмент сравнения, чтобы увидеть, что изменилось. Здесь есть хак О'Рейли.
Можно предположить, что вы можете сделать то же самое с DIR / S в корне диска, хотя это будет довольно много времени.