Я новичок в WCF .. возможно ли это, и если его использовать через внешние веб-приложения, лучше ли использовать IIS и http, то есть службу, размещенную в приложении ASP.NET MVC?
Да, вы можете разместить службу WCF в службе Windows.
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms733069.aspx
Я бы сказал, что если вы можете разместить ее в iis, это, вероятно, лучше.