Да, они совместимы. Единственное, что вы должны принять во внимание, - это то, что в рабочей области и в проектах могут присутствовать специальные компоновщики (например, для затмения GMF, для GWT и т. Д.).
Так что, во-первых, вам придется переустановить этот плагин, чтобы ваши рабочие проекты работали нормально, а во-вторых, новые версии плагинов могут заставить вас немного подстроить настройки проекта. Тем не менее, это не должно иметь большого значения, и в принципе, обновление до helios не должно повредить вашему рабочему пространству