Я бы не стал здесь перечислять. Вам нужно только решить, какая строка является первой строкой, а какая нет. Это должно быть достаточно легко, если просто написать первую строку, а затем использовать цикл for для условной записи дополнительных строк, которые не начинаются с «#».
def removeComments(inputFileName, outputFileName):
input = open(inputFileName, "r")
output = open(outputFileName, "w")
output.write(input.readline())
for line in input:
if not line.lstrip().startswith("#"):
output.write(line)
input.close()
output.close()
Спасибо twopoint718 за указание на преимущество использования lstrip.