Код, который вы открываете, открывает файл в текущем рабочем каталоге, в котором вы запустили процесс Java.
Это совершенно не связано с тем, где находится файл jar.
Как вы выполняете файл JAR?
Если файл ключа находится рядом с файлом jar, это должно работать:
java -jar theJar.jar
Но этого не произойдет (потому что путь к ключу теперь "test / KEY.txt"):
java -jar test/theJar.jar
Когда вы запускаете программу в Eclipse, текущим рабочим каталогом (обычно) является корневая папка проекта.
Альтернативой для рассмотрения (если файл не требует редактирования пользователем) является помещение файла ключа в файл jar. Тогда он не потеряется, и вы можете загрузить его через загрузчик классов.
Другим хорошим вариантом является предоставление пользователю пути к файлу через параметр командной строки или системное свойство.
Или создайте сценарий пакетного файла / оболочки, который гарантирует, что вы всегда работаете из правильного каталога.