Если jar создан правильно, скажем, с помощью Maven, файлы ресурсов идут рядом с файлами классов. Это выглядит примерно так:
myapp.jar
|
+--- com
| +---mycompany
| +-- FileOpsClass
|
+--- maps
+-- fileToRead
вы можете зайти в каталог и получить доступ к fileToRead
, например, для приведенной выше структуры:
final File file = new File("../../maps/ParcelsCountyRDMFinal5.shp");
или как предложено
final File file = new File(getClass().getResource("/maps/ParcelsCountyRDMFinal5.shp"));