Запустите Emacs с опцией -Q и посмотрите, сохраняется ли проблема, набрав C-h k M-q . Если окажется, что M-q на самом деле связан с fill-paragraph, то что-то в вашем файле инициализации явно отменяет эту привязку ключа.
Затем вы можете закомментировать некоторые настройки в файле .emacs в стиле «двоичного поиска», чтобы определить, какая из них отвечает за удаление указанной привязки ключа.