Вам нужно либо:
1. добавьте эти настройки в ваш файл web.config.
2. укажите внешние параметры и используйте обработчик событий после сборки, чтобы скопировать вывод в ваш веб-проект.
<configuration>
<appSettings configSource="my.config" />
</configuration>
Стандартным соглашением является добавление настроек в файл web.config. сборки, которые являются только dll, не загружают свои собственные файлы конфигурации. Это позволяет людям, которые их используют, указывать настройки в своем приложении.