Вы можете использовать .NET для изменения разделов реестра для IE. См. http://support.microsoft.com/kb/843016 для получения дополнительной информации о конкретных ключах.
Все:
HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Microsoft\Internet Explorer\Main\FeatureControl\FEATURE_WEBOC_POPUPMANAGEMENT
Value = 0 for Off
Value = 1 for On
Для каждой зоны:
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Internet Settings\Zones\[0-4]\1809
HKEY_CURRENT_USER\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Internet Settings\Zones\[0-4]\1809
Value = 0 for Enabled
Value = 3 for Disabled
За сайт:
HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Internet Explorer\New Windows\Allow
Create subkey with domain name and binary data.
Вот пример кода записи ключей реестра через .NET для перевода сайта в доверенную зону, что позволило WatiN загружать файл:
Программно добавлять доверенные сайты в Internet Explorer