Почему бы вам не поставить свой навеселе код после строки, которая добавляет шаблон усы в дом?
например вот что у меня в navView:
$(this.el).html(Mustache.to_html(navTemplate, this.model.toJSON()));
$('body').prepend(this.el);
this.$('img').twipsy({trigger:'hover', placement: 'below', fallback:'test', offset:10});
Добавляет twipsy (версия Tipsy для начальной загрузки в твиттере) после того, как моя навигация была визуализирована и добавлена в DOM.