java -Djava.library.path="lib" -cp test.jar:jar/jogl.all.jar:jar/newt.all.jar:jar/nativewindow.all.jar mypackage.MyJOGLApp
должно работать.Исключение говорит вам, что jogl отсутствует в classpath (аргумент -cp).После этого вы получите исключение при загрузке библиотеки, так как в пути к библиотеке не будет никаких собственных библиотек (свойство -Djava.library.path)
[edit] для окон используйте ';'в качестве разделителя пути вместо ':'